Fernando Santana nasceu na aldeia de Soutelo do Douro concelho de S. João da Pesqueira, começou a vida artística num velho grupo de música tradicional portuguesa, Som 2000, pertencendo na altura a Eduardo Pinto, músico conceituado. Anos mais tarde os direitos da banda seriam vendidos ao irmão de Fernando Santana, o Sr. Manuel Santana, primo afastado do guitarrista Carlos Santana.
Para fugir aos últimos anos da guerra colonial, Fernando Santana tornou-se um exilado político na Alemanha. Cedo começou a notar-se a sua veia romântica, veia que aliás o fez separar da banda Som 2000. Os Som 2000 eram uma superbanda que seguia o estilo que seria na década de 1980 preconizado pelos ASIA. Fernando Santana não estava contente com o caminho musical da banda e acabou por cortar relações no final da década de 1970.
Em 1978 já Fernando Santana conhecera Dino Meira no concílio da música mundial, reunido por este último em Munique e que contou com a participação de David Gilmour, Carlos Santana e Julio Iglesias no que seria o protótipo do Live 8. É também neste concílio que trabalha o ainda anónimo assistente de técnico de luzes, António Manuel Mateus Antunes hoje conhecido pelo nome artístico Tony Carreira.
Fernando Santana acaba por reunir-se com os Som 2000 para fazer o seu primeiro álbum a solo de 1988. Durante estes 10 anos, Fernando Santana participou em variados projectos, inclusive o de realizador no filme "Crime em Newark" que conta, para além de algumas estrelas de Sopranos, do próprio Dino Meira no papel de um polícia luso-descendente que se vê envolvido nas malhas do crime de New Jersey. No entanto, o retorno a Portugal foi sôfrego. Algumas das suas composições arderam num enorme incêndio no seu estúdio de Frankfurt onde tentou reunir os Pink Floyd em torno de um álbum conceptual de sua total autoria. Em 1985 Julio Iglesias envolve Fernando Santana num processo judicial. Alegadamente, Julio Iglesias teria roubado algumas composições de Fernando Santana e quando este o tentou abordar numa noite de Julho nas Bahamas, Julio negou e de imediato ligou ao seu advogado. Algumas dessas composições são bem conhecidas dos fãs de Julio Iglesias: Bacalao, Hey ou Amor, Amor, Amor, composição que Fernando Santana utilizaria para uma reedição, desta vez com o nome "amo-te" editada anos mais tarde.
De volta a Portugal Fernando Santana continua o seu projecto de cancioneiro romântico, conceito que passa a utilizar para se distanciar de outros cantautores portugueses como José Reza, José Alberto Reis, Marante e Marco Paulo. É também nessa altura que reforça os seus laços de amizade com Dino Meira, até que em 1993 após morte deste, Fernando Santana e Marante conhecem-se pela primeira vez e dividem os despojos do império de Dino Meira: Santana ficaria com o cancioneiro romântico, enquanto Marante perseguiria a alma do emigrante. Santana e Marante nunca mais se voltaram a encontrar e alguns especialistas dizem que essa teria sido a vontade de Dino Meira.
Em 1997 Fernando Santana edita o seu álbum de maior sucesso "Amor tens de me ouvir" pela espacial. Atinge a platina nesse mesmo ano e faz uma tournée pela Europa e pelos Estados Unidos. No entanto, os problemas com a espacial começam a aparecer. Em 1999 a espacial é comprada pela vidisco de Alberto Manuel dos Santos, ex-emigrante na Alemanha e antigo conhecido de Fernando Santana. Desconhece-se a razão da desavença, mas é de crer que Alberto Manuel dos Santos não tinha ficado contente com a saída de Santana do grupo Som 2000.
Em 2001 Fernando Santana volta à carga e edita "Amo-te", álbum que tenta recordar os êxitos que Fernando Santana involuntariamente deu a Julio Iglesias. "Amo-te" é também um grito de raiva e esperança, visto que com o crescendo poder da vidisco, Fernando Santana fica proibido de ser tocado nas rádios nacionais, com excepção da PAL fm que continua a prestar-lhe tributo merecido. No entanto, a presença na televisão no programa Made in Portugal é cada vez menor e Fernando Santana quase desaparece do mapa da música nacional. Volta em 2007 com "Foste Tu" um projecto fresco e cheio de ritmos latinos e em 2008 edita "Intimidades" onde volta ao seu som original. Alguns críticos dizem que nos back vocals desse álbum se consegue escutar a voz de Marante. Perguntado, Fernando Santana não confirmou esse rumor.
